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花菖蒲は日本の野山に自生するノハナショウブをもとに、日本で江戸時代から 改良発達してきた日本産の園芸植物です。江戸時代から改良が行われてきた地方の 名称を取って、江戸系、伊勢系、肥後系などにわかれており、さらに近年、 山形県長井市で保存されてきた長井古種や、 キショウブというアヤメ科の植物との交配による種間交配種、 アメリカなどで改良された外国系の品種などが加わりました。 花菖蒲は、現在およそ2000品種が存在すると考えられています。
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